窖藏期間的適宜溫度是0℃—2℃，適宜的濕度為85%—95%，如果窖溫過高，輕則種根發芽過長，消耗養分，重則腐爛變質，造成嚴重損失；窖溫過低，種根易受凍，腐爛變質。

一、臨時貯藏

臨時貯藏，是指種根收獲后到入冬窖藏前，這一段時間在田間或窖外的假貯。種根收獲后，新陳代謝旺盛，氣溫較高，窖溫也較高，如果種根收獲后立即入窖，會使窖溫更高，導致種根發芽，甚至腐爛變質。在田間或窖外假貯一段時間（一個月左右），可以逐步降低種根的呼吸強度，使受凍或萎蔫種根顯現出來。這樣，入冬窖藏時，種根已處于休眠狀態，受凍和萎蔫種根也可被淘汰掉，從而可以保證窖藏質量。

臨時貯藏的方法：先挖一條深30—50厘米、寬100厘米左右的溝，溝的長度視種根數量多少而定，將種根堆貯溝內，堆高100厘米左右，呈半圓形，然后在種根上覆土15—20厘米。

二、越冬貯藏

簡易式種根窖俗稱悶窖，是一種地下式土窖，適于生產用種種根的貯藏。如今一般都采用這種方式貯藏。

（1）悶窖的規格：在我省一般采用深2米、寬1米、長5米的悶窖，每公頃種根貯藏窖需要30延長米左右。為了節省窖藏用地，窖的長度可以隨需要延長，但每隔5米需留30—50厘米厚的土格隔開，此種窖稱為串聯式悶窖。也可以采用并列式，窖與窖之間應相隔3—5米寬。在地下水位較高的地區，可以選擇地勢傾斜的地段挖窖，窖的規格同前，但需要在窖底中間順坡向挖寬30厘米、深30厘米的順水溝，并在地勢低的一端挖一個掏水坑，以便將水掏出。

（2）種根入窖：悶窖應在種根入窖的10天前挖好，以便有充足時間晾曬干燥。入窖前先將窖內打掃干凈，窖底撒施少量硝石灰粉消毒。宜選擇晴朗天氣入窖。入窖時先打開臨時貯藏堆，淘汰受凍和萎蔫種根，窖內甜菜種根堆高1.3—1.5米，上面擺平，覆以礫狀干土5—10厘米。然后在窖頂鋪上高粱稈或玉米稈，兩端各留出一大一小的空隙作出入口和通氣孔，最后覆土封窖。覆土前將通氣口做成凹狀的洞，用草捆堵好，可以隨時打開。覆土時先將高粱稈的兩端踩壓實，再向中間覆土。覆土可分兩次進行，第一次覆土30厘米左右，第二次覆土高至0.8—1.0米。

（3）悶窖管理：

①窖溫觀測。一般每10—20個窖設一個觀測窖，每日測定窖內空間溫度和種根堆內溫度。悶窖窖溫變化規律是：入窖后窖內空間溫度，一般隨外界溫度變化而變化，種根堆內溫度一般逐漸上升，10天左右后又逐漸下降。

②窖溫管理。入窖初期，嚴防堆溫上升過高（4℃以上），避免發芽和腐料。其方法是利用通風口調節窖溫，20天左右若窖溫降至1—2℃，說明窖內正常，可以堵死通風口。若堆溫仍在4℃以上，說明窖內種根可能有腐爛現象發生，應該開窖檢查。通風口堵死后的空間溫度允許變化幅度為0—3℃。

一般悶窖因凍窖而造成損失的情況是很少的，而因窖溫過高造成爛窖的情況則較常見。因此，對悶窖多采用低溫控制措施降低窖藏損失。

③順水窖的管理。順水窖除溫度管理外，還需每日掏水，直至不再滲水為止。