番木瓜一般用塑料營養袋育苗，營養袋的規格為高20厘米，寬15厘米。營養土的成分是9份塘泥、1份腐熟禽畜糞，充分混合后裝入營養袋，每袋放入2～3粒番木瓜種子。如果要節省種子，可先將種子置于32～35℃條件下保溫保濕，進行催芽處理，發芽后每個營養袋放1粒種子。一般播種不宜太深，播種后覆上一層泥土即可。當種子苗出土后，可以再覆上一層垃圾及腐熟豬牛糞混合的肥土，并保持土壤濕潤，噴300倍膠體硫，每隔10天噴1次，共噴2～3次，以減少病害的發生。當出現2～3片真葉后，適當減少淋水次數，促根深生，每10天施1次水肥，如腐熟的稀釋10倍的尿水。
由于在秋冬進行育苗，所以要做好防寒工作，一般蓋塑料薄膜防寒，要求棚內溫度不高于35℃，不低于5℃。白天溫度過高時，要掀起薄膜，以便接收陽光和散熱降溫，晚上蓋好防寒。當幼苗長出5片真葉，同時夜溫不低于8℃時，要注意煉苗，也即逐漸打開薄膜，少施肥少淋水，這樣，使苗木矮壯、根系發達。當苗高達20厘米左右，就可以出圃進行大田定植。
優良的番木瓜新品種具有“早結、豐產、優質、抗病”的特點。然而，一個優良的品種，必須具備優良的栽培方法，即所謂“良種良法”，才能充分發揮品種原有的特點和特性，培育“老、矮、壯”苗就是它的基礎。
所謂“老、矮、壯”苗，其標準為：“老”，即保證有130～150天的苗期，葉片在13～15片以上，葉片厚而淡綠色；“矮”，即苗高在20～25厘米以下，節密，株高小于寬度(株冠直徑)；“壯”，即莖稈粗壯，葉柄粗而堅挺，葉腋有側芽，根系發達，透過營養杯可見發達、粗壯的白根，這時兩片子葉仍沒脫落。
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