種蛋必須來自優良、健康的鳥群，挑選種蛋時，先將薄殼蛋、砂殼蛋、鋼皮蛋及過大、過小、過扁、過圓、污染面積過大的種蛋挑出。剛產出的種蛋不宜馬上入孵，要貯存24小時以上，但最好不要超過6天，保存的溫度以15℃為宜。若保存期超過6天，需要降低溫度，保存種蛋的相對適宜濕度應為70%～80%，并注意貯存室的通風。種蛋保存時，應大頭朝下，每天翻動1次。
在自然養殖條件下，鴕鳥產蛋落地后常常被泥土、糞便污染，受污染的鳥蛋經過清洗、消毒等多重處理，還是免不了受細菌感染，孵化過程中常出現中晚期蛋內雛鳥死亡，甚至出現“炸蛋”，以致整箱蛋受感染而報廢，給飼養場帶來不必要的經濟損失。經觀察發現，孵化中期受污染的鳥蛋內出現多處細菌斑點，孵化后期鳥蛋因受細菌感染，自身蛋溫升高而導致死亡。如在孵化過程中發現有些鳥蛋后期突然失重加大，解剖后雛鳥干枯死亡，便是典型的細菌感染。實驗表明，如實行“人工接蛋”，接蛋率在85%以上，孵化出雛率比過去提高20%，鴕鳥開產期應先準備好經過熏蒸消毒的塑料袋或干凈毛巾，并對開產期的鴕鳥進行觀察。一般開產鳥在前10天左右雄鳥幫助母鳥在圈內“扒窩”，母鳥常在坑邊轉圈，鼻孔發紅。鴕鳥產蛋一般在下午2～7時左右，如發現母鳥進食量減少，在圈內來回走動焦燥不安，飼養員應用消毒液洗干凈手，準備好塑料袋或毛巾，靜候在鴕鳥不易發現的地方進行觀察。
產蛋前2分鐘左右，母鳥會蹲下，口流黏液，扇動雙翅，發出震顫之聲，開始產蛋。此時飼養員要立即輕跑過去，一手拿毛巾接蛋另一只手輕提鳥的尾羽，防止尾羽玷污鳥蛋，接蛋時人要蹲下防止雄鳥對人進行攻擊。接下的蛋是干凈潮濕的，飼養員要及時送交種蛋熏蒸室。
