挑孔雀魚的時候還有一個重要因素，就是你養殖的原因是育種還是觀賞。如果僅僅是為了觀賞，沒說的當然是挑選顏色艷麗、尾鰭長大、各鰭發育完善的個體。當然如果你是為了培育良好的孔雀品種就要注意種魚的挑選了。
一般來說挑選孔雀魚的原則和挑七彩沒多大分別。無非是要求體表無異常、無傷口、鰭肢無破損、無白毛.白點等增生物、索餌意識強烈等等。 通常來說要注意：
1、盡量挑選身體沒有外傷的孔雀，更嚴格一點，最好整缸里都沒有受傷或死亡的孔雀魚，免得將病源帶回家，新魚下缸的時候也要注意，最好不要將魚店的水倒入魚缸里面，同時也不會將新買進的孔雀和已經飼養一段時間的孔雀養在一起，而是將新買回來的孔雀魚在檢疫缸中先隔離檢疫，目的就是為了避免已經養過一段時間的孔雀對于新進來的孔雀帶入的細菌，沒有抵抗力造成孔雀魚的死亡。
2、挑選各魚鰭都沒有緊縮的，如果魚鰭緊縮，表示孔雀魚已經不太能適應環境了，或是水中的細菌量已經過高，如果再買回去的過程中又有很大的變動，大概孔雀魚一回去就會躺在缸子底下。
3、會搶食飼料的，表示健康情況應該不錯。
4、觀察孔雀魚是否有體內寄生蟲，可以觀察肛門部份的地方，是否有一 分岔狀的紅色突起;或是有腫起，如果是的話表示帶有體內寄生蟲，最好是不要買，除非你有把握治好!從外表看得出來的已經算是成蟲了，但是體內是否有蟲卵或是幼蟲，就無法從外表看出，而且初期幾乎沒有任何異狀況且一旦帶有寄生蟲的孔雀魚進入你的魚缸，那么很容易讓寄生蟲傳染到每一只健康的孔雀魚，那時問題就很麻煩了! 如果是以培育新品種為目的，最好挑選年輕一點的孔雀，雖然完全成熟的孔雀不論雌雄都很美麗，但是可能超過生育黃金時期，所以最好是挑選年輕有活力的孔雀，強壯的公魚會尾隨在母魚后面，不停的追逐母魚。 另外，好的種魚不一定都是那些尾鰭大的、花紋艷麗的。而是那些有著良好特征。
