箱養蚯蚓或大型飼養場的床養蚯蚓，因多次添加飼料，經過2～3個月，需要把糞粒和蚯蚓進行分離，而產在飼料中的卵繭也需要與糞粒分開，分離的方法有如下幾種：
1、筐漏法
經過幾次添加飼料，成蚓密度大，卵繭數量增多，飼料基本糞化的飼養床(箱)，把蚯蚓與糞粒一起裝在底部帶有1.2厘米×1.2 厘米網眼鐵絲網的大木筐內，利用蚯蚓怕強光的特性，在強光照射下，使蚯蚓自動鉆到底層。然后用刮板逐層把糞粒和卵繭一起刮入運料斗車，直至蚯蚓通過網眼鉆入下面新料層為止，這時蚯蚓絕大部分和糞粒分開來。然后，將糞粒和卵繭移入孵化床，在適宜的溫度條件下，經過30～40天，卵繭全部孵化，并長至一定程度，但還未達到產卵階段的蚯蚓。繼續采用以上所述的筐漏法把幼蚓和糞便分離開。使幼蚓進入新的飼養床。糞粒經篩選包裝可以作為城市養花的肥料。
2、餌誘法
當飼養床基本糞化后，停止在表面加料，而在飼養床兩側添加飼料，將成蚓誘入新飼料中。待絕大部分誘出后，再將含有卵繭 的老飼料全部清出。然后再把老床兩側的新飼料和蚯蚓合并在一起。清出的蚓糞和卵繭移在放有新飼料飼養床的表面進行孵化。 待幼蚓孵出后，進入下層的新飼料采食，然后把上層的蚓糞刮出即可。
3、刮糞法
利用強光照射，使蚯蚓鉆人下層，然后用刮板將蚓糞一層一層刮下。刮到最后，蚯蚓集中到飼養床表面。將取出的蚓糞和卵繭 移入孵化床進行孵化培育。幼蚓孵出后，用同樣的方法進行分離。
