養殖水蛭的最大困難為品種、苗種及規格問題。
品種問題：適宜人工養殖的水蛭多為寬體金線蛭，引種時要仔細辨認。
苗種問題：部分苗種銷售單位會將品質較差的苗種冒充成優質種苗向外出售，導致養殖戶遭受巨大損失。
規格問題：當水蛭的體重在15克以內時不宜引種，6月份以后也不宜引種，避免引進已經排過卵的水蛭。
一、養殖水蛭的最大困難是什么
1、品種問題
引種時要仔細辨別水蛭的品種，適合進行人工養殖的水蛭品種多為金線蛭（尖細金線蛭、光潤金線蛭、寬體金線蛭的統稱），其中又以寬體金線蛭為宜，其他品種的養殖效果不佳。
2、苗種問題
水蛭養殖是一種良好的項目，但它的養殖行情因地而異，部分苗種銷售單位（以及個體戶）將品質較差的苗種當成優質種苗向外出售（或冒充經過提純的良種），導致養殖戶遭受巨大損失。
3、規格問題
一般情況下，水蛭需養殖2年以上才能開始繁殖，當水蛭的體重處于15克以內時不能引種，6月份以后也不能引種，避免引進幼蛭（或已經排過卵的水蛭）。
二、水蛭養殖需要辦什么證
1、養殖水蛭通常要辦理《動物防疫條件合格證》等證件，養殖前還要做環評，根據新環保法和規模養殖場污染防治條例的規定，開建新場前須讓環保部門進行環境污染測評。
2、已經修建好養殖場也要經過環保部門的環評，如果排污條件未達到標準，則會被責令加裝排污設備，如果收到責令后仍未改正，則有可能會面臨罰款、封閉場地等處罰。
3、建設養殖場地之前，需事先和當地的村委會就用地達成相關協議，并依法履行國家規定的審批程序，經營者在建設、使用場地的過程中需嚴格遵守農地農用的原則，按照協議上的約定使用土地，禁止擅自或變相將設施農用地用于其他非農建設，禁止改變直接從事或服務于農業生產的設施性質，禁止擅自將農業設施用于其他的經營。
