在人工育苗期間，扇貝幼蟲很容易感染細菌和真菌，引起大批死亡。
細菌病常見的有弧菌，有一種鰻弧菌專營分解有機體，在很短的時間內使幼體面盤分解，這種病狀特別是在采卵后的5～7天內發生，蔓延極快，6～8小時能致死全部幼蟲。目前這種病原細菌引起的疾病一旦發現尚無治療的方案，只能預防。預防方法：增強親貝育肥時的體質，每天倒池育肥，徹底清除細菌病原地，幼蟲培育時勤倒池（3天倒池一次），倒池后用高錳酸鉀，消毒清理池底。
其次為假單胞桿菌屬和氣單胞桿菌，這些細菌平時蘊藏在海水、底泥、池底污染物，動物的體表或消化道內都可能找到，條件一旦適宜便大量繁殖侵入扇貝幼蟲或稚貝的組織中成為致病菌。受感染的幼蟲下沉至池底，面盤纖毛短缺不齊，活動能力減弱，不久就大批死亡。在顯微鏡下可見幼蟲組織內發現潰瘍甚至分解。此病治療效果不顯著，預防方法：清除培育池底代謝物及殘餌，防止引起細菌繁殖。
在幼蟲培育時常有一種霉菌和真菌感染幼體足肌部分，這種病情常在幼蟲殼長168微米后發現，病菌感染緩慢，在顯微鏡下很清楚見到幼體生長發育時殼長、殼高不斷增長，內部器官也正常發育，但足肌特別是足蹠部分開始潰爛，失去爬行功能，在眼點幼蟲后期，出現幾率高，面盤開始萎縮退化，而足肌潰爛，使幼蟲下沉死亡。
目前對于海水中的細菌處理尚無很好辦法，采取預防的措施是主要的，經常徹底清理池底，消毒池底，勤倒池，除此之外最有效的辦法是用紫外線消毒海水。
