扇貝人工育苗的生物病害最常見的是橈足類和石灰蟲。這兩種敵害生物在扇貝附著變態后出現。橈足類與稚貝爭奪餌料，致使附著稚貝或浮游幼蟲嚴重缺少餌料而死亡，石灰蟲除與稚貝爭奪浮游植物外，還能分泌一種酸性有害黏液抑制稚貝生長。1993-1994年，有人曾遇到大量石灰蟲分泌黏液致使稚貝停止生長發育，最終全部死亡，損失極大，1999年又遇到這種情況，因發現及時，采取倒池清理消毒后才獲得大量苗種，效益顯著。
扇貝幼蟲期和稚貝期培育時，在育苗池中經常出現生物敵害。除上述兩種危害性較大的生物敵害外，還有游捕蟲、罽蟲、線蟲等寄宿在幼蟲軟體內，攪碎幼蟲有機體并吃食，使幼蟲致死；輪蟲、孑孓、海生殘溝蟲與幼蟲爭食，敗壞水質，使氨氮含量升高，亞硝酸鹽增加，減弱幼蟲活動能力，慢慢沉于池底死亡；猛水蚤用強硬大螯搗碎幼蟲殼，致幼蟲死亡，導致水質惡化，污染培育池水，影響幼蟲正常攝食生活。
預防敵害生物措施：控制水質凈化，在育苗池入水口加套濾水罩袋，防止敵害生物流入池內；嚴格檢查餌料質量，有原生動物的餌料、老化下沉的餌料、死殘池底的餌料不能投喂。一旦發現有敵害生物出現，立即倒池，把幼蟲全部濾出，池子消毒，放入新鮮海水中培養。藥物處理方法：用3～5毫克/千克敵百蟲殺死猛水蚤，2～3小時后徹底換水，纖毛蟲、鞭毛蟲用0.4毫克/千克硫酸銅殺滅，2～3小時后大換水，減少對幼蟲生長的影響。
