鰻魚苗體質嬌嫩，在采捕、暫養和運輸中容易擦傷而感染水霉菌和細菌性疾病。因此，在放養時必須進行消毒。消毒方法為藥浴，一種是用容器進行藥浴，一種是全池潑灑藥浴。
用容器藥浴時，一般在大水缸中進行，故又稱缸浴。具體做法是，先在缸內盛清水300～400千克，然后按藥物用量比例，先溶化在少量水中再倒入缸內，并開啟曝氣機進行曝氣，不斷攪動水，使藥液均勻分布，然后稱取5千克左右鰻苗連篰一起浸入藥液中藥浴10～15分鐘后，即可取出鰻苗放養。全池潑灑藥浴在傍晚進行，把藥物溶解后直接潑灑在一級池中，開增氧機攪水，使藥液均勻分布。
常用的藥物主要有次甲基藍和食鹽等。
容器內藥浴在鰻苗下池前進行；全池潑灑消毒在鰻苗下池后的當天傍晚進行。
鰻魚和鱔魚在外觀上看起來非常相似。鰻魚屬于魚類，長相似蛇但沒有鱗片，在陸地的河川中生長，成熟后洄游到海洋中產卵，具有降河洄游性，一般產于咸淡水交界海域。鱔魚的身體細長呈蛇形，前圓后部側扁，尾巴尖細，頭長而圓，上頜稍突出，唇頗發達，上下頜及口蓋骨上都有細齒。
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