種子磨粉稱芥末，為調味料；榨出的油稱芥子油；本種為優良的蜜源植物。
芥菜含有維生素A、維生素B族、維生素C和維生素D很豐富。具體功效有提神醒腦，芥菜含有大量的抗壞血酸，是活性很強的還原物質，參與機體重要的氧化還原過程，能增加大腦中氧含量，激發大腦對氧的利用，有提神醒腦，解除疲勞的作用。
其次還有解毒消腫之功，能抗感染和預防疾病的發生，抑制細菌毒素的毒性，促進傷口愈合，可用來輔助治療感染性疾病。還有開胃消食的作用，因為芥菜腌制后有一種特殊鮮味和香味，能促進胃、腸消化功能，增進食欲，可用來開胃，幫助消化。
最后還能明目利膈、寬腸通便，是因芥菜組織較粗硬、含有胡蘿卜素和大量食用纖維素，故有明目與寬腸通便的作用，可作為眼科患者的食療佳品，還可防治便秘，尤宜于老年人及習慣性便秘者食用。
芥菜在吃法方面也有很高的營養價值，沙拉里放一點芥菜，會有一些辣味，應避免用得過多，因為其質地粗糙而且味道濃重。為了去掉一些味道，可以在烹飪前用開水焯一下。芥菜和大麥、黑米、蕎麥、馬鈴薯及豆類都可以搭配，和沙司、面包糊一起做味道也相當不錯。芥菜可用蒸、煮或炒等方式烹飪。芥菜腌制后味道鮮美，可以增進食欲，促進胃腸消化功能。做湯時加入芥菜可以使菜肴略帶微辣。芥菜疙瘩中含有食物纖維，可以促進胃腸蠕動。此外，芥菜是眼科患者的食療佳品。
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