（一）清除雜菌
在菌絲管理期間要清除畦面雜菌、污染物，發現“黑、紅、綠”顏色雜菌，立即用碳銨或石灰覆蓋外加薄膜，消毒抑制。如出菇期出現雜菌，在竹蓀未展裙前可噴灑金霉素水溶液，嚴重時可噴灑0.1%多菌靈藥液進行防治。
（二）水旱輪作
為防止雜菌大面積感染造成減產損失，竹蓀栽培田不宜連作，應改種水稻，三年后方可重新種植竹蓀。
蟲害
（1）白蟻：能蛀食竹蓀菌絲，影響竹蓀產量。可用滅蟻靈或辛硫磷700倍液、25%菊樂合脂2000倍液噴殺或用明礬粉調糖水灑于白蟻喜食的芒箕上誘殺，也可用燒香的骨頭誘殺。
（2）螨類：在高溫高濕時容易爆發，竹蓀菌絲生長階段以及出菇階段均有發生，能把菌絲咬斷，菌絲萎縮不長，也能咬竹蓀菌球，并傳播病菌，發生嚴重時造成絕收。可用70%克螨特200倍液或2.5%天王星2000倍液或者其他專用殺螨劑進行噴殺。
（3）蛞蝓：是一種軟體動物，俗稱“鼻涕蟲”，無外殼，身體裸露，主要吞噬竹蓀菌球，造成菌球穿孔，并留下一道白色黏液。可用殺螟磷噴殺或用1：50：50的砷酸鈣、麥皮、水置于蛞蝓出沒的地方誘殺，或在蛞蝓出沒的地方噴灑5%煤酚皂溶液、50%食鹽水滴殺。
病害
1、黏菌：發生在竹蓀畦面裸露土或覆蓋的稻草上，初期為黏糊糊，會變形運動，呈乳白、橙黃、黃綠色，使菌絲生長受抑或逐漸消亡，嚴重時不再生長竹蓀，竹蓀菌蕾受到危害呈水漬狀、霉爛。應加強通風，初期可用多菌靈、70%甲基托布津1000倍液、硫酸銅500倍液、10%漂白粉連續噴灑3~4次。
2、煙灰菌：常發生在高溫高濕環境，初期在竹蓀畦面覆土層出現臟白色絨毛狀菌絲，很快變成粉紅色、黑色，菌落呈深煙灰色，并產生大量的黑色孢子，其主要為害竹蓀菌絲，導致菌絲斷裂，直至死亡。早期出現臟白色絨毛狀菌絲時為治療最佳期，可直接在病癥處噴灑3%石碳酸或者2%甲醛；當出現黑色孢子時，可用福爾馬林20倍+70%甲基托布津可濕性粉劑700倍稀釋液噴施；嚴重時，在發病處周圍挖斷培養料，在患處及周圍撒新鮮石灰，并用塑料膜將病患處蓋住，控制其擴散。
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