1、常溫貯藏
在生產地區和產地附近銷售成熟的木瓜，包裝房或轉運外的貯藏只是臨時，庫房只求達到通風良好，清潔衛生條件即可。因為貯藏期短而不要求有冷溫條件，這樣，在夏熱冬冷的室溫下，經營者必須根據木瓜熱天后熟快，容易腐爛，而冬天后熟慢的特點，合理組織銷售。
秋冬季采收的成熟果實，有時還需要用人工催熟方法加速果實后熟，以便應市。
催熟方法是在每一包裝箱內，放入紙包滴上水的電石小量，包封包裝不讓透風，經1-2日夜，果皮轉為鮮黃，即可食品用。冬季采收的木瓜，當地較為冷涼的大氣溫度，有利于果實的貯藏，若要求北運到大氣溫度低于12℃以下的地區，則要求運輸車箱具有防冷設施，以避免果實產生冷害。
2、低溫貯藏
低溫貯藏木瓜果實，可以延長貯藏壽命，因此，這種貯藏方法特別適合于遠途地面運輸和遠距離市場銷售的需要。低溫貯藏是把經熱水浸果、熏蒸或輻射處理后的木瓜，立即轉移到大約13℃溫度的貯藏庫或運輸車箱內，在這個溫度下，木瓜一般能夠貯藏2-3周時間，在以后移置室溫下后熟時能夠正常后熟，保持果實品質。
低溫處理的木瓜，要求至少在開始變黃的成熟階段采收比較合適，因為這個階段的木瓜對冷害比較不敏感。與低溫貯藏相結合的幾個實驗說明，低壓貯藏可以減少木瓜果實腐爛的發展，但僅是在抑制病菌的生長方面起到作用；其他一些氣調貯藏是在低溫下和1%-1.5%含氧量的控制氣體條件下，獲得延長為數不多的貯藏時間。
這些實驗都需要與傳統的采后處理、熱處理、殺菌劑處理和冷藏條件相配合，而附加的低壓或氣調實驗提高了成本經費，故在商業實踐上尚末使用。
