番木瓜育苗主要在秋冬進行，要想育出壯苗，關鍵是做好防寒、防病蟲與煉苗工作，并加強肥水管理。一般用塑料營養袋育苗，營養袋的規格為高20厘米、寬15厘米。營養土的成分是9份塘泥、1份腐熟禽畜糞。充分混合后裝入營養袋，每袋放入2-3粒番木瓜種子。如果要節省種子，可以先讓種子置于32-35℃條件下保溫保濕，進行催芽處理，發芽后每個營養袋放一粒種子。
一般播種不宜太深，播種后覆上一層泥土即可。當瓜苗出土后，可以再覆上一層垃圾及腐熟豬牛糞混合的肥土，并保持土壤濕潤，噴1000倍托布津或300倍膠體硫，每隔10天噴一次，共噴2-3次，以減少病害的發生。當出現2-3片真葉后，適當減少淋水次數，促根深生，每10天施1次水肥，如腐熟的稀釋10倍的尿水。由于在秋冬進行育苗，所以要做好防寒工作。一般蓋塑料薄膜防寒，要求棚內溫度不高于35℃，不低于5℃。白天溫度過高時，要掀起薄膜，以便接收陽光和散熱降溫，晚上蓋好薄膜防寒。當幼苗長出5片真葉，同時夜溫不低于8℃時，要注意煉苗，也就是逐漸打開薄膜，少施肥少淋水，這樣，使苗木矮壯、根系發達。當苗高達20厘米左右，就可以出圃。
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