1、采后處理系統番木瓜果皮非常薄，運輸時的磨擦和撞擊常能使脆弱的果皮損傷，導致病菌入侵，引起果實腐爛。番木瓜采后，必須進行防疫技術處理例如熏蒸處理等，以殺滅果蠅，并必須以包裝進行運輸。
2、熱水浸果處理和蒸汽熱處理熱水處理法是用以控制果實腐爛和果蠅的一個措施。這一措施對當地市場銷售番木瓜提供了保護，和對空運銷售得到一定保護，然而，在地面遠途運輸和延長了貯運和銷售時間的情況下，則必須配合殺菌劑和熏蒸聯合處理才能獲得成功。熱水處理時是將番木瓜置于48℃的熱水中浸泡20min，再放在流水中冷卻20min，以減少貯藏期間炭疽病引起的腐爛。蒸汽熱處理分為兩個步驟。首先是番木瓜果實需要進行預處理。預處理方法是把果實放入溫度44℃、相對濕度40%的房間內進行。
3、熏蒸處理番木瓜的熏蒸處理可在熱水處理之前或之后進行。熱水浸果與熏蒸處理相配合對番木瓜果蠅控制效果顯著。熏蒸在不低于20℃溫度的熏蒸室內進行。熏蒸劑量是，二溴化乙烯8g/立方米小室空間；不與熱水處理相配合的熏蒸劑量要增加為16g/立方米。熏蒸時間均為2h。
4、輻射處理放射線輻射處理法是用放射性鈷的γ射線對番木瓜果實進行輻射，以達到控制真菌、果蠅和延長貯藏壽命的目的。用27-75krd劑量輻射，對蘇勞等品種番木瓜果實控制真菌和果蠅有效，推遲后熟速度，果皮顏色發展正常。輻射處理沒有顯著改變番木瓜的揮發成分、氨基酸、脂肪酸等的含量，而好處是提高果實品質和延長貯藏壽命。
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