小米椒的常見的病害有猝倒病、根腐病、青枯病、病毒病、疫病、白粉病、炭疽病等。其中猝倒病可用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%霜霉威鹽酸鹽1500倍（10ml/15千克）＋70%吡蟲啉5000倍（3克/15千克），灌根或者噴霧防治。根腐病發病初期可選用二氯異氰尿酸鈉等藥劑進行防治。
一、猝倒病
1、小米椒的猝倒病主要是幼苗子葉期或真葉還沒有展開之前受到侵染，幼苗出土后，在莖基部近地面出現水漬狀病斑，逐漸變黃、縊縮、凹陷，葉子未凋萎即猝倒，用手輕提極易從病斑處脫落，潮濕時病部可見白色棉毛狀霉層。
2、防治方法：采用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%霜霉威鹽酸鹽1500倍（10ml/15千克）＋70%吡蟲啉5000倍（3克/15千克），灌根或者噴霧防治。
二、根腐病
1、根腐病的癥狀是病株莖基部還有根部皮層變為褐色至深褐色、濕腐狀，手觸病根皮層脫落或剝離露出暗色木質部，一般植株會發育不良、矮小。
2、防治方法：發病初期可選用二氯異氰尿酸鈉；百菌清；福美雙，或苯醚甲環唑等藥劑進行防治。
三、青枯病
1、青枯病的癥狀是葉片自下而上逐漸變黃，大量脫落，或是地面接觸處莖基部皮層呈水浸狀腐爛，地上部莖葉迅速凋萎。
2、防治方法：使用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%硫酸農用鏈霉素3000倍（5ml/15千克），苗定植7天后進行灌根防治。
四、病毒病
1、病毒病常見的癥狀有花葉皺縮或褐色壞死，出現系統性壞死條斑，果實上呈現深綠和淺綠相間的花斑。
2、防治方法：一般選用病毒散20%嗎啉胍、乙酸銅750倍（20克/15千克）＋70%吡蟲啉5000倍（3克/15千克）＋雷力2000（1000倍）或極可善600倍進行噴灑。
五、疫病
發生疫病時，要及時做好排水工作，可采用美邦58%甲霜靈、猛鋅600倍（25克/15千克），薩帕25%甲霜靈、霜脲氰600倍（25克/15千克），克拉斯65%多抗等藥物進行治療，在幼苗期，成熟期和結果期均有發病，一般是莖基部出現褐色縊縮。
六、白粉病
1、白粉病主要發生在葉片，初期在正面或背面長出圓形白色粉點，逐漸擴大連成大片粉斑，后期整個葉片布滿白粉，最后導致葉片大量脫落。
2、防治方法：一般采用百菌清、己唑醇或吡唑醚菌酯進行防治。
七、炭疽病
炭疽病的后果是造成大量落葉爛果，可采用世藍30%苯醚甲環唑（5克/15千克），45%咪酰胺2000倍（7.5ml/15千克），美邦50%甲托懸浮劑600倍（25ml/15千克）進行防治。
