1、培養室要選擇干燥、清潔、暗光、通風的場所。使用前要進行一次藥物消毒，密封門窗24小時，使用時撒一些石灰細沫，增強消毒效果。采用窯洞、果庫養菌的，必須將菌袋放在距洞口15m以內，以免影響發菌，出現“啞巴”袋。

2、改變垛形，分類管理。隨著氣溫的回升，應及時將菌袋由碼柴式堆放改為“#”或“△”型，堆放不要超過6層。一般情況下，第一次刺孔后就要改變垛形。要在翻堆過程中注意檢查菌袋發菌情況，及時將雜菌感染的菌袋與發菌正常的菌袋分室排放管理。

3、問題菌袋的處理。整袋沒發菌的，可按接種常規要求進行補接；1~2個穴孔沒發菌的，不用補接，可適時對發菌穴進行刺孔增氧，促使迅速生長。污染綠霉菌的，可采用覆土厭氧法培養。受鏈孢霉污染的用5%硫酸銅進行局部防治。長毛菌污染和處理過的小面積其他雜菌污染袋可采取散袋、低溫、通風、暗光培養，輔以適時刺孔，增氧助長，大部分都能恢復正常。整袋發生污染不可救藥，要深埋或燒毀。

4、控制袋溫，加強通風。溫度是菌絲生長發育的重要條件，適宜的溫度菌絲生長迅速而茁壯，溫度過高過低都不利于香菇菌絲生長，應將袋溫控制在20~25℃為宜。養菌中后期要控制袋溫不超過30℃，以防燒袋。香菇屬好氣性真菌，及時適量的通風可促使菌絲迅速生長，并能有效防止雜菌污染。通風一般選擇早、晚溫度低時進行。

5、刺孔增氧。發菌一段時間后，菌袋就需要刺孔增加氧氣，以滿足菌絲生長要求。整個發菌過程一般需刺孔3次。第一次刺孔一般在接種后15天左右，當菌絲直徑達8—12cm時，用牙簽在接種穴周圍刺孔4~6個；第二次在菌絲大部分接連后進行，用毛衣針刺孔6~8個；第三次刺孔在整個菌袋發滿時進行，用筷子削尖刺孔25~60個，要適當深刺至袋芯，讓菌絲發滿發透。刺孔掌握的原則是要先少后多、先淺后深，孔穴先細后粗。

6、適時轉色。菌絲長滿菌袋后，會出現苞米花狀瘤狀物，待菌袋表面出現大量瘤狀物后，菌袋進入轉色期管理。香菇菌袋轉色好壞直接影響出菇的快慢、產量和質量，同時，轉色能為香菇菌袋營造一個保護層，保證菌袋安全越夏。轉色是靠調節干濕差而形成的,轉色促熟的適宜溫度是15~25℃，最適為18~22℃，濕度要控制在85%左右，輔以適當的通風和散光刺激。整個轉色過程需要15~20天，必須在越夏管理之前完成。轉色過程中菌袋內常常分泌出黃色汁液，要及時刺孔排出，以防造成菌袋污染。轉色后期要加強通風，控制轉色不能太厚，以防造成出菇困難。轉色好的菌袋菌膜呈有光澤的棕紅色或淺茶褐色，菌皮厚薄適當，具有較強的韌性。